Assemblée
Le CESR est une assemblée socioprofessionnelle. En Rhône-Alpes, il comprend 116 membres, désignés pour 6 ans, répartis en 4 collèges : 
Reconnus pour leurs compétences, leur expérience, leur sens de l'intérêt général, les conseillers économiques et sociaux éclairent les décideurs politiques et les acteurs publics sur les orientations à prendre, sur les risques à éviter, sur les enjeux économiques et sociaux. Ils rendent ainsi leurs choix plus efficaces.
L'assemblée est présidée par Bruno LACROIX depuis 2004, réélu en 2007. Il est membre du Collège I (Représentants des entreprises et activités professionnelles non salariées), désigné par l'Union des industries métallurgiques et électriques de la région Rhône-Alpes, au titre des industries électriques.
Le Bureau du CESR assiste le président pour organiser les travaux de l'assemblée, coordonner les travaux des commissions et organiser les séances plénières.
Le CESR s'appuie sur une délégation générale composée de 17 agents. Sous la responsabilité du délégué général, elle tient ses missions du Président du CESR, en liaison avec le Directeur général des services de la Région.
Elle a un rôle d'appui pour la réalisation des travaux de l'assemblée.
Commissions et groupes
Le CESR comprend 9 commissions (environ 30 membres) et des groupes de travail (15 membres) chargés d'instruire les thèmes d'étude qui leur sont soumis.
Les commissions sont :
- Economie et Emploi
- Développement durable
- Formation
- Territoires
- Solidarités
- Enseignement supérieur et Recherche
- Citoyenneté et Développement personnel
- Europe et Coopérations internationales
- Finances et Evaluations
Compétentes dans les domaines de l'action régionale, les commissions étudient, enquêtent, analysent et établissent des avis et des rapports à l'intention du Conseil régional. Le président de commission précise et anime les travaux.
Les commissions sont des lieux de production du CESR. Les présidents de commission se retrouvent autour du président et des deux vice-présidents dans la conférence des Présidents.
A vocation plus transversale et créés pour une durée déterminée, les groupes de travail rassemblent des membres de différentes commissions, compétents sur un sujet précis.
La section Prospective
Dans un rapport adopté le 20 mars 2007, le CESR s'est doté d'une
section Prospective, composée de 22 membres (dont 7 personnalités extérieures) pour un mandat de trois ans renouvelables.